2013年，发现H7N9禽流感患者并出现死亡病例。活禽养殖业再度遭受冲击。阻击禽流感的责任感与活禽养殖业的责难，一同加于国家卫计委及有关专家。
钟南山的看法有两点：第一，大多数病人是在活禽市场感染H7N9禽流感的，因此，要对活禽市场实行严格控制。第二，一旦发现有禽流感人传人的迹象，必须立即关闭活禽市场。然而，无论控制还是关闭，都会让养禽企业受到损失，并陷入恐慌。
但是，钟南山认为：只能是尊重事实。
2014年新年的钟声敲响时，钟南山仍未离开禽流感垂危患者的监护室。病人家属打来电话再三询问，钟南山回答说：“我会竭尽全力！”
早在21世纪初，钟南山的学生，以及其他一些专家，就对禽流感病毒开始了研究。禽流感病毒既往仅在禽间发现，但在20世纪末，已出现H5N1禽流感传染人的病例，并出现有限的人传人现象。H7N9禽流感为新型流感。至2013年的诊疗方案认为，人感染后，潜伏期一般为7天以内。患者一般表现为流感样症状，比如发热、咳嗽、少痰，可伴有头痛、肌肉酸痛和全身不适。重症患者病情发展迅速，表现为重症肺炎，体温大多持续在39摄氏度以上，出现呼吸困难，伴有咳血痰；可快速发展，出现急性呼吸窘迫综合征、纵隔气肿、脓毒症、休克、意识障碍及急性肾损伤等。人感染重度禽流感，可以在短时间内夺命，这是最关键的。
H7N9新型禽流感，于2013年3月底在上海和安徽两地率先发现。它是全球首次发现的新亚型流感病毒，当时尚未纳入我国法定报告传染病监测报告系统，并且至2013年4月初，尚未有疫苗推出。被该病毒感染后，均在早期出现发热等症状。至2013年4月，尚未证实此类病毒具有人传染人的特性。2013年4月，经调查，H7N9禽流感病毒的基因，来自东亚地区野鸟和中国上海、浙江、江苏鸡群的基因重配。
人感染禽流感，是由禽流感病毒引起的人类疾病。禽流感属于甲型流感病毒，根据禽流感病毒对鸡和火鸡致病性的不同，分为高、中、低/非致病性三级。
高致病性H5N1亚型和2013年3月在人体上首次发现的新型禽流感H7N9亚型，尤为引人关注，因为它们造成了人类的伤亡，同时重创了活禽养殖业。
因事态严重，钟南山呼吁治理甚至关闭活禽市场，争执也由此引发。职能机构一旦下令，那就是多少养禽企业倒闭、多少活禽市场关张。于是，活禽市场的老板们站出来叫板钟南山。
《扬子晚报》、《厦门日报》等媒体，不断有关于国内各地禽流感患者发病前或者病死前接触过活禽的报道。2014年2月日有报道：江苏首现H7N9禽流感死亡病例，死者发病前买过活鸡。2014年1月24日有报道：北京发现1例人感染H7N9禽流感病例，病人发病前买鸽子并食用。2014年1月28日有报道：厦门确诊首例人感染禽流感病例，患者发病前购买活鸡。一条微博称：上海八旬老人染上H7N9禽流感，发病前曾逗留活禽市场。
中国新闻网于2013年4月13日报道：中国官方明确，活禽市场暴露是H7N9禽流感发病的危险因素。该报道说：中国内地的人感染H7N9禽流感确诊病例数量正在持续上升。值得注意的是，这种新亚型流感病毒已经北上，并潜入北京。该报道指出：官方提醒，不要购买活禽自行宰杀，不要购买无检疫证明的鲜、活、冻禽畜及其产品。若有发热及呼吸道症状，应告诉医生发病前的禽类接触史等。
直到2014年全国“两会”召开之前，仍未有禽流感出现人传人的确凿证据。全国“两会”期间的2014年3月10日，面对记者，钟南山仍然亮出自己鲜明的观点：活禽市场是禽流感传播的主要因素之一。
2014年3月10日上午9时，十二届全国人大二次会议新闻中心在北京梅地亚中心多功能厅举行记者会，邀请全国人大代表钟南山等人出席。
日本共同社记者问：请问钟南山代表关于禽流感的问题。有个城市关闭了活禽市场，但不是全面的，您的看法怎么样？对中国中央政府的做法怎么看？还有一个问题：群众最关注的是基因的变化，有可能会变成新型流感感染。如果这样的情况发生的话，您觉得现在政府可以应对这类问题吗？
钟南山答：谢谢这位日本朋友提出了大家都关心的问题。我首先回答你的第一个问题，就是禽流感的情况。我们先不讨论名称的问题，因为我认为名称并不是一个关键的问题，而是在于现在的情况。现在，H7N9在全国多地有发生。不太准确的是全国有340多人出现感染，病死率接近30%。在我来的广东发现比较多，是82人，现在是84人，有23人死亡，病死率为28%，说明现在还在不断地发生。它的特点就是所谓的散发。
什么叫“散”？散的意思是，他们之间没有互相的联系，一个一个发生的。这个情况就意味着没有人传人。如果有人传人，就不是散了，而是互相联系了。
“发”是什么意思？还是发生。发生是说，还是有传染源。但是，这个传染源从哪儿来？现在看起来，我们没有一个非常准确的关于传播途径的判断。然而，根据流行病学的看法，80%以上都是在禽的市场。我强调的是市场而不是禽，是在市场上出现感染的。
钟南山说，目前，在绝大多数禽鸟集中养殖的地方，甚至在户家养殖里，发现不了H7N9的病毒。但是，一旦把这些禽拿到市场去交易的时候，是活禽，这时候就会发生感染，而且局部环境的感染率明显增高。他指出，在广东，禽的H7N9病毒检出率是百分之零点零几，到市场是2.6%，增加了100多倍，说明市场是感染禽流感的主要因素。
钟南山回答日本记者说，现在，我们做的是什么？和H5N1不一样，H5N1是禽有病，人也有病，大家心甘情愿地把鸡杀了，人也防了。但是，现在的问题是鸡没病、人得病。搞农业生产、搞禽类养殖的人就会问，凭什么把我们的鸡杀掉？对这个问题，我们始终有矛盾、有看法；而且，这涉及中国几百万养禽人的事业。
在这次新闻发布会上，钟南山鲜明地提出了自己的看法：禽流感患者有80%以上是在活禽市场里得病的。所以，他提出，对活禽市场，首先要控制；一旦出现人传人，就一定要关闭。
钟南山指出：控制活禽市场有两个办法。一个是关闭市场，这是一个比较大的举动。关闭的意思是什么？就是以后不开了。对这个问题要认真考虑，因为这涉及很大一批禽产业。
多数的地方是所谓的“三个一”：一周一清扫、一月一消毒、一月一休市。休市和关闭市场是不一样的，就是休市以后，经过一段时间，好好清理再开。广东就是这样，也确实起到了一定的作用。现在，关键是控制好活禽市场。中国目前就是这么做的。
他说，一旦基因发生变化，就会出现人传人，就像非典一样。这就不一样了。人传人就表明，会有大规模的疫情出现。在这种情况下，就要关闭活禽市场，关闭以后要彻底地进行处理。同时要隔离，人一旦发现感染禽流感就要隔离。现在，发现人感染禽流感也要隔离，在定点医院护理。但是到目前为止，我们从来没有发现一个医务人员或者一个护士被感染。一旦人传人，就要早发现、早隔离、早处理。
同时，要想处理这个问题，就要研制疫苗。到人传人的时候，疫苗是非常重要的。当然，现在已经准备好了生产疫苗的病毒株，一旦出现流行，就可以立即制作疫苗。就像2009年大规模的H1N1流感流行时那样，中国做得不错，在5个月的时间内就将疫苗生产出来，并对接近1亿人进行免疫接种，起到一定作用。但是后来，我们知道，禽流感的自然发展规律就是在高峰以后慢慢下降，这和病情的发展趋势也有关系。钟南山说，现在中国的做法是对的。如果一旦基因突变到人传人，疫苗会起到很重要的作用。