2010年年初，广州医科大学第一附属医院和广州呼吸疾病研究所终于搬进了新楼。走惯的旧楼道、用惯的旧桌椅……一切，显得难以割舍。在这里搞过科研，在这里抗击过非典，多少泪水和欢笑，都要留在这里了。
新楼上，钟南山的办公室面朝着珠江，这是单位用心安排的。美丽的江景，对于优雅但是匆忙的钟南山来说，基本无暇看顾。地毯的样式是他自己建议的，红色图案，充满安静、热情和活力的气息；因为他不喜欢沉闷，需要让自己每天都能以精力旺盛的状态应对工作。
新的蓝图一直在他心中酝酿：要成立国际呼吸医学中心，要有一座规模不小的建筑，要有国际一流的科研队伍……这是他此生的最大心愿。
对呼吸疾病做到“早发现”，是呼研所一直努力攻克的难关。可喜的是，到2012年，呼研所已经达到“早发现”的科研水平和临床效果。这样的科研成果，让钟南山为之欣慰。
年龄越是增长，他越是思考，自己应该给社会多做一些贡献，将来，多留下一些财富。父亲钟世藩曾经的教诲，一直占据着他的思想：一个人活着，应该给社会贡献什么？
与此同时，因为钟南山的名望影响着社会，所以有太多不期而遇的社会责任，随时需要他担当；也有太多不期而遇的是与非，需要他的声音参与，需要他的行动推进，需要他的态度坚守。
2011年，钟南山基于对一个基本事实的认定，所以，他“一点儿都没有客气”。那就是轰动全国的“烟草院士”之争。
对于钟南山这样的人来说，院士这一称谓，是神圣的。对于院士入选的考量，是不可以有“官方气息”的，必须科学、民主、公正、公开；否则，像他这样的院士，就会眼里容不得沙子。
担当与坚守
在钟南山看来，让真正符合条件、真正德才兼备的人当选院士，是他应尽的职责。在这一点上，他很难违背良知，去顾及或者屈就谁的面子。相反，对不公正的裁决，他会据理力争、分毫不让。
2011年12月8日，一位从事烟草研究的专家，当选为中国工程院院士，他当选是因为有对于烟草“降焦减害”的研究成果。
基于吸烟有害健康的常识，社会各界一霎时质疑声不断。
烟草研究在我国没有名分，但从来不差钱。尽管某些研究取得“突破性进展”，却很难得到褒奖，因为这基于一个基本的科学常识：吸烟有害健康。
中国签署的《世界卫生组织烟草控制框架公约》明确规定：“烟草制品使用‘低焦油’等词语属于虚假、误导、欺骗。吸极低焦油、低焦油卷烟患肺癌死亡的风险和吸中度焦油卷烟一样。”
中国工程院院士陈君石发博文，直指“香烟‘降焦减害’是方向性错误的研究”。陈君石说：“我实难想象香烟的‘降焦减害’会成为高水平的科技成果”，“‘降焦减害’无疑是一个错误的方向，政府在科技方面的项目支持和奖励部门、机构需要从中汲取教训”。
中国疾病预防控制中心原副主任、最早介入控烟工作的杨功焕在媒体上直截了当：“降焦减害”是个伪命题。几十年来，多个国家的成千上万个研究早已证明，任何降焦措施、添加剂，包括中药，都无法让卷烟“减害”。
对于“烟草院士”的当选，钟南山毫无疑问是坚决反对的。他的反对，针锋相对，直指“降焦减害”的所谓研究成果。钟南山、秦伯益、巴德年及一些表示坚决反对的中国工程院院士认为，“烟草院士”根本没有什么“降焦减害”的像样成果，对保证吸烟者的身体健康没有任何证据！充其量是做了一些降焦研究，但看不见有减害的效果。
这场风波至今还没有结果，“烟草院士”还是照当。但这场涉及学术道德、涉及院士称号的全民辩论，使公众对烟草的危害、对“降焦减害”的欺骗性，有了深刻的认识。