2003年，钟南山受到国务院副总理吴仪接见。他那苍茫的心上，有如云开日出。
他没有辜负吴仪。
钟南山说：“中央从来没有正面批评过我。”
凡是了解钟南山秉性的人，都认为他天不怕，地不怕，就怕昧着良心说假话。自从非典一开始，他就在心里不由得犯合计：老是有那么一种感觉，好像自己专门喜欢跟谁较劲似的；老是觉得不管走到哪儿，自己都不是一个太受欢迎的人。
他暗自思忖：自己从“私自”让香港专家化验非典病毒，到病原体之争，再到当着世界卫生组织官员的面说出真相，让相关领导尴尬的新闻发布会……我钟南山给政府添了多少“乱”啊，让中共广东省委为了多少难啊！同时，他一直都能理解那些胆小不愿惹事的人。他们会离他远一点儿，他表示宽容，觉得自己大不了被冷落就是了。
但是，钟南山也暗想，对于像他这样一个人、在第一线抢救病人的大夫，领导干吗要批评他？
“也可能因为我是一个院士，他们考虑到要给院士留点面子，所以不作当面批评。反正我说的都是实话，反正我就是一个给人看病的大夫。”
实话是要说的，病是要看的。郁闷、委屈对他来说是相对有限的。钟南山说，他不求官，也不求利，只要能给病人看病，病人欢迎就行了。
2003年4月底，本来觉得“雷声”离自己很远的北京市民，突然被噩梦惊醒，北京的非典病人终于“光临”了。
早在3月31日，北京有一家胆大的媒体报道：北京的纱布口罩连日脱销。其实，北京市民的动作比这篇报道快得多。
对于非典，北京人普遍的心态是既觉得可怕，早就心有提防，又觉得“雷声”还远，唯独没有想到会措手不及！
就在4月3日，世界卫生组织官员对广州竖指赞叹的同一天，在北京，媒体又在告诉市民“不用慌”。北京市卫生局有关负责人说：“市卫生行政部门及疾病预防控制机构，已在全市范围内建立完善的监测系统和有效的应急机制。”
仅仅事隔两天，4月5日，一名非典病人出现在北京大学人民医院。之后，很快就感染了93名医护人员。4月23日，这家医院被整体隔离，一直到5月17日才解除隔离。
时任北京大学人民医院院长的吕厚山很无奈地说，出现这样的结果，是因为医院没有传染科，病人转不走，又不能拒收。吕厚山说的是心里话，真是没给北京市护一下面子：“我事先如果知道非典是怎么一回事，吸取广州的经验教训，我想我会准备得很好。”
他还说：“知道有非典要来，但到底非典怎样传染、厉害到什么程度，我们对这种烈性的上呼吸道传染病真的是没有认识。”
从2003年2月8日、农历正月初八北京市卫生局官员不顾危险，南下广州火线“取经”，已为时两个月之久，北京市民不会忘记之前看过的电视新闻，那段新闻让北京人心里很踏实：政府给咱撑腰做主哪。这么大的北京——祖国的心脏啊，一个非典还能闹塌了天不成？那些一早一晚出门遛弯儿的市民，虽说心里都害怕，可一贯都是比较相信北京市政府的。
近两个月的时间过去了，当初北京市卫生局取来的“经书”呢？更何况，广州抗击非典的战役，不但有用生命和鲜血换来的宝贵经验，仅仅是倒下的医护人员的数字，还不足以让北京触目惊心吗？这高昂的代价，对于北京，价值几许？
后来，北京市民从电视节目上发现：广州钟南山的调调怎么老是和北京的声音不一样啊？北京老是说非典不那么可怕，容易让人踏实，可这个钟南山……
2003年4月，因瞒报非典疫情，党中央决定免去时任卫生部党组书记的职务；4月26日，十届全国人大常委会第二次会议经过表决，决定免去时任卫生部部长的职务。
其实，北京市第一例非典病人早在2003年3月7日就已经出现了。可惜，不知情的北京市民那时还高枕无忧。
姜素椿生于1929年2月，湖南宁乡人，解放军第302医院原副院长，曾任解放军第302医院传染科主任，是著名传染病专家。他曾参加了对北京市第一位非典患者的抢救；曾组织了对北京市第一例非典死亡患者的尸体解剖；还是全球首位用自己的身体，进行血清注射试验并获得成功的非典患者。
2003年3月7日晚8时许，已退休在家的姜素椿接到302医院领导打来的电话，请他立即赶到医院病区，指导对一名非典患者的抢救。医院领导已经考虑到姜素椿年事已高，且患过鼻咽癌，呼吸系统是他免疫屏障中最脆弱的部分。然而，姜素椿一到治疗现场，立即感到了问题的严重性，他毅然走进了病房。
当时，他只知道非典是一种传染性极强的病，而那位病人也是北京市第一例输入性非典患者。姜素椿听302医院院长介绍，这个由山西来的病人呈肺炎症状，是从广东回来后发病的。姜素椿的心里“咯噔”一下。此前，他只听说广东出现了非典，但在北京还是第一次听到。
那天，一生从事传染病医学工作的姜素椿多留了个心眼儿，特意在口罩里多夹了两层纱布。那位病人最终没能抢救成功。姜素椿当时就想：“我看了一辈子的传染病，这么厉害的真是少见。半小时前，病人还吃东西，一转眼儿就死了？这种病到底是由什么引起的？”姜素椿建议马上进行尸体解剖。病人尸体内残存着大量病毒，打开胸腔后，病毒四处蔓延，其危险性比以往任何时候都大！姜素椿不顾年迈和自己患过鼻咽癌，在解剖室用最快速度对北京市第一例非典死亡患者进行了尸解，为开展非典研究积累了宝贵的一手资料。
3月14日晚，姜素椿突然感到发冷，他意识到自己可能被非典感染了。
处在高烧中的姜素椿，脑子里一直在琢磨一个问题：是否用自己的身体做试验！姜素椿这一设想在当时还尚无先例。3月2日，姜素椿的体内注射进从广州采集来的非典患者恢复期的血清。奇迹出现了！在注射血清并配合其他药物治疗后，74岁高龄的姜素椿住院23天，经检查，所有体征指标合格，最后康复出院。
到2003年4月6日，北京的老百姓已经开始不太相信媒体了。
4月12日，世界卫生组织宣布将北京列为非典疫区。
在国际上，媒体的舆论对中国已经是极为不利。
2003年4月下旬，在中国、在北京，影响安定、使人心惶惶的非典瘟疫，像无形的毒蛇，开始在空气中、在人们的意念中随处游走。
4月16日，位于北京海淀区的中央财经大学出现了非典病人！学校宣布停课。这所大学周围密集的居民区一下子像炸了锅。
北京市民真的慌了——“狼到了家门口！”
“不是说非典没那么厉害吗？”有太多的人感到不解。
中央财经大学校园里，大学生们惊惶失措地拖着行李涌向校门，他们恨不得一步跨出学校。校园大道上，放眼望去，一片白花花，戴着口罩的学生在落荒而逃。
一个小时之后，原本喧闹的校园，死一般地沉寂了，退场一般的空空荡荡。
早在4月3日，北京的解放军第309医院一天就收治了60例非典病人；而媒体当天公布的数字是：非典患者12例，死亡3例。2岁的蒋彦永退休前，是解放军总医院的外科主任，熟悉北京各家医院的情况。气愤的蒋彦永第二天即写了一封署名信，从互联网上发往北京的两家媒体。
4月8日，美国《时代》周刊刊登文章《北京遭到非典袭击》，里面引用了蒋彦永的信。
4月20日，党中央撤换了卫生部和北京市政府的主要领导。中国抗击非典的战役终于打开了新局面！
4月20日下午，国务院新闻办公室举行记者招待会。卫生部常务副部长高强通报了全国非典型肺炎防治工作情况，并回答了中外记者提出的问题。他坦言，卫生部的工作存在缺陷，疫情报告制度亟待完善。
高强说：“卫生部应对突发公共卫生事件准备不足，防疫体系比较薄弱，地方报告要求不明确，指导不得力。北京市有关部门信息统计、检测报告、追踪调查等方面的工作机制不健全，疫情统计存在较大疏漏，没有做到准确地上报病例数字。”
北京市民，不仅是北京市民，全国的广大老百姓，在同一时间双目凝视着电视屏幕，清晰可见高强额头上的热汗。
不容易呀，终于拨开云雾见太阳！
4月23日，国务院总理温家宝主持召开国务院常务会议，决定成立国务院防治非典型肺炎指挥部，由副总理吴仪任总指挥；并决定由中央财政设立20亿元的非典型肺炎防治基金。
这时，吴仪为北京的非典防治措施，专门与钟南山面谈过两次。
“我觉得那个时候，她主要不是鼓励，而是请教。她给我的感觉是虚心向我请教。”钟南山在说起这件事时，态度恳切，同时也表达了对吴仪深深的敬意。
吴仪第一次接见钟南山，是了解非典疫情及防控方面的情况；第二次接见的时候，北京的非典疫情已经更为严重。吴仪第二次接见钟南山，是在温家宝带钟南山出国去参加国际会议以后。再后来，吴仪在有事时会邀请钟南山。第二次接见时，吴仪问钟南山北京到底应该怎么做，她非常希望能够听取他的意见。
钟南山当时直截了当地告诉吴仪，北京的医疗水平、学术水平和医疗力量，比广东高得多，但是对于非典的防治，工作却做得差很多，为什么？听说北京连治疗重病人的重症监护室的大夫都还没有动员起来，没有发挥他们的作用。很多有能力的医生还处于“没让我管”的状态。如果这样的话，救治重病人是没希望的。
吴仪郑重地问钟南山，你认为北京应该怎么搞？
钟南山建议说：“首先应该考虑把重病人集中到一两个地方，有必要集中高水平的医务人员进行抢救。”
尽管后来创建小汤山非典医院并不是钟南山提议的，但是对于钟南山的建议，吴仪全部采纳了。
将遇良才，恰逢其时。钟南山被中央领导同志接见，他的才能从此得以更自如地发挥。
2007年10月15日，党的十七大报告全面阐述了科学发展观的深刻内涵。在如此隆重的大会上，当回溯战胜非典的那段峥嵘岁月，人们把科学发展观与仗义执言、不计个人得失、敢于坚持真理的钟南山院士联系在了一起。人民因为党和国家表彰他、肯定他的功绩，而更加信服党中央。
以人为本的科学发展观之所以被牢牢记住，连普通百姓也朗朗上口，就是因为它代表了人民的根本利益，实现了人民的夙愿。像钟南山这样敢于直言的人、舍命以求的实干家，对其功绩的肯定和表彰，成为党和政府为民执政的见证。
让钟南山感到温暖的是，他和吴仪早年就读的大学曾经那么近。吴仪是在1962年从北京石油学院毕业的，北京石油学院在钟南山上大学的北京医学院隔壁；另一边隔壁是北京地质学院，温家宝曾是北京地质学院的学生，比钟南山低五届，而吴仪比钟南山低一届。
因为有才能而被接见，因为是同时代的人更显亲切，因为被认可所以得以重用。
吴仪当时主管卫生部，于是，她有意识地提出来，中华医学会不应该像一个行政机构，应该由一名学者来担任会长。而她首先考虑的就是让钟南山来当，她想发挥钟南山的作用。钟南山也明白了吴仪的想法。
后来，媒体曾报道过钟南山的感慨：“吴仪啊，我觉得我对得起你！”
中央电视台请钟南山做了四次关于对非典如何进行防治的专题节目。北京的医学专家比广东多很多，医疗水平也比广东高得多，但是为什么出现这么高的非典病死率呢？最关键的是，北京的重症监护治疗病房没有全部动员起来，一些专门的治疗技术没有到位。
吴仪采纳了钟南山等人的意见后，首先把北京的非典重病人暂时集中在了两个医院；向全国一些非典疫情比较严重的省市，派去了医疗队。
几天后，吴仪再次接见钟南山。根据北京非典疫情可能会更加严峻的趋势，吴仪要求钟南山派一个医疗队到北京增援，钟南山迅速到北京帮助指导一线工作。由于广东的情况还不能使他放心，因此离开北京时，钟南山把呼研所副所长肖正伦教授留在了北京。
吴仪正式对钟南山谈起让他出任中华医学会会长的事，是在2004年。
继2003年4月26日卫生部部长被撤职之后，2003年4月29日，钟南山随温家宝到泰国，出席中国—东盟领导人关于非典型肺炎问题的特别会议。中国政府抗击非典的形象，开始令世人瞩目。