呼研所的发现，与世界卫生组织公布的，两个结论相同，但呼研所提前了5天……
“实践是检验真理的唯一标准”，中国人由衷地为这句话叫好。至2008年，它整整伴随了中国改革开放30年的风雨坎坷！而在2003年，人民共和国亲历了一场活生生的历史检验！
对于非典病毒，是衣原体还是病原体，是细菌还是病毒，在一场学术领域的争论之下，是千百个病患的生命何去何从，是浩大空前的疫情该如何战胜。
钟南山没有顾及“反对”的风险，没有顾及名声的代价，他毅然决然提出相反的意见。他顶着莫大的压力与委屈，挺直了科学家的脊梁。
钟南山的发现——病人的咽部没有流感症状，使这场争论，形成了交锋。
病原之争
广东以钟南山为首的专家们，始终不渝地在进行关于非典病原的研究。2003年4月11日下午，广州呼吸疾病研究所拟在次日下午举行新闻发布会，宣布非典的病原——…一种新型冠状病毒在广东被证实。
4月12日，广东媒体在重要位置刊登消息，首次公布在广东的非典患者身上找到的病原体是“冠状病毒”。
4月16日，世界卫生组织在日内瓦宣布，经过全球科研人员的通力合作，正式确认冠状病毒的一个变种是引起非典的病原体；因为把从非典病人身上分离出来的冠状病毒接种到猕猴身上，猕猴出现了和人一样的非典型肺炎。建立了动物模型是证实病原体的“金标准”，就像癌症确诊的“金标准”是病理切片的报告结果一样。
这是全球发生非典疫情以来取得的最有价值的阶段性成果。
因为使用抗生素的治疗方案已经是呼研所实践过的，没有效的。按这个方法去治疗，很多非典病人都要死的。
面对生与死的问题，非典中的钟南山无从让步。他坚持着自己的观点，那都曾经是怎样的心焦如焚！
钟南山能够坚持己见，是因为他对自己坚持的东西实践过，他在用实践后的事实说话。
按国家已经公布的方案去治疗非典病人，即使错了，谁也不用背负责任。反正全国统一执行，这是国家的权威机构发布的啊。这样报道出去了，全国就这样去做，不用再去探索了，将来出现什么问题，不用任何一个专家来承担责任，当然，也不用他钟南山来承担，因为错也错在国家。
钟南山恰恰没有这样明哲保身。
但是，反过来说，他自己坚持的万一错了呢？他不是就把自己所有的声誉都搭进去了吗？“人家就会说，国家的声音、权威的中国疾病预防控制中心都是这样定的，你钟南山为什么不按规定去做？你看你现在才知道错了，你这是怎么一回事？”那是要承担罪责的，是道义和良知的谴责。当时，钟南山一连几天沉默寡言。
由于他在不同场合表白自己严重的担忧，表明自己坚持不使用抗生素的观点，本来就与他持不同意见的人，远离了他这门“大炮”；认为中央电视台代表中央的声音、不能“违抗”的人，更是对他退避三舍。钟南山深深感觉到来自各个方面的压力，一时间饱受了人情冷暖、世态炎凉。此时此刻，他惊讶，几十年来，他听党的话，跟党走，对党始终坚信不疑，但是，对党忠诚岂能是盲从？
在沉重的挑战面前，他没有回避和退让，没有选择推卸自己的责任。他选择了最艰难的办法，把压力扛在了自己的肩上。
在2009年为迎接新中国成立60周年，中组部、中宣部等11部门联合组织开展的“100位为新中国成立做出突出贡献的英雄模范人物和100位新中国成立以来感动中国人物”评选活动中，钟南山当选。其中，对钟南山有这样的评语：在抗击非典战斗中，他以实事求是的态度、勇往直前的大无畏精神，主动请缨收治危重病人，全力以赴地精心制定医疗方案，以医者的妙手仁心挽救生命，显示出了科学家治学严谨的作风与高度的责任感。在关系抗击非典成败的重大问题上，他能置自身荣辱得失于度外，力排众议，坚守科学家的良知……
谁能掂出这评语之下千钧的重量！在当时的情况下，钟南山顶着何等沉重的压力，忍受着多少不被理解的委屈。
2003年，中国被世界卫生组织列为疫区和旅行的限制地，几乎所有的旅游活动、商务活动和政务活动受到限制。那一年在广州举办的一年一度的春季中国进出口商品交易会，虽然照常进行，但是人气冷落，透着压抑。
北京、上海与全国其他地区，由于惧怕感染非典，纷纷在县与县、村与村之间封路，如同画地为牢，老死不相往来。不见物流和人流，经济的流动、生活的运转何堪？社会稳定问题已是迫在眉睫。
一声咳嗽，四座不安。在广州出现这样的笑话：一个员工在早晨给老板打了个电话，报告自己好像有点儿发烧。老板即刻被吓得要死，马上批准这个员工请一个星期的假。当时有人一发烧，不管三七二十一就去医院，社会为此承受了重大的资源浪费。
2003年5月初的一天，钟南山肩负着沉重的使命。他要说服各界，说出在一线控制非典疫情的真实情况，以便尽快遏止错误的决定。
北京长安街往常上午9点左右，都是车阵云集、川流不息。当他途经长安街，复兴门、西单、新华门——5分钟、10分钟，0米甚至500米……竟然只有一两辆机动车飞驰而过。他顺手取出随身携带的相机，拍下了这一历史的镜头。
在整个社会处于恐慌的状况下，确实需要权威的声音来压惊、稳定人心，但是当时这个权威的声音，说是要采用抗生素进行治疗。这是无效的治疗，跟实际情况恰恰是不符的。
2003年5月初的北京，正被SARS魔疫包围着。当听说非典的病原是衣原体，可以用抗生素治疗、“并不可怕”，各阶层都大大松了一口气，缓解了一下一直绷得很紧的神经。
北京一度冷落的大小餐馆，开始有了客源；商场、集贸市场、电影院……本来已经冷落不堪的场所，开始出现人流。特别是国内和国际航班的售票处，又恢复了些许忙碌。人们试探着开始如常的生活。
这就意味着，要孕育更大的恐慌！老百姓一旦恢复各种活动，放松警惕，岂不是会出现更多感染？
很多专家逐渐认识到，如果非典的病原确是衣原体的话，患者只需服用红霉素等普通药物，即会产生效果。衣原体肺炎一般呈散发性，即零零星星地发生，流行的可能性不大，死亡率也不高。
最先认定“非典型肺炎的病原为衣原体”的，是中国疾病预防控制中心病毒学首席研究员、中国工程院院士洪涛。他于2003年5月下旬，诚恳地对记者说，他自己一生中遇到很多挫折，作为科学家，在科学研究上遭遇的大多数是失败，很少遇到成功。为此，他告诫身边的学人，不要气馁，遇到挫折、批评，还要继续走下去。
洪涛院士将自己通过电子显微镜，在几例非典病人尸体的标本试验中，没看到冠状病毒，而是分离出衣原体的事实和盘托出。他承认：“很多医学研究者情绪浮躁，包括我们自己。”他当时观察的非典患者，死亡后引发衣原性继发感染，所以，他分离出了衣原体。当然，洪涛院士没有作假。
科学家的本职是从事科学研究。科学研究是允许有误差的，何况科学研究是一个从谬误走向真理的过程。科学家以及科学结论，为什么如此影响中国的公共卫生决策呢？
洪涛院士生于1931年7月，从事医学病毒学研究半个多世纪，曾主持建立了我国第一个病毒病理和生物医学超微结构实验室，在成人腹泻轮状病毒和出血热病毒方面的研究，取得了世界领先成果。从2003年2月7日开始，他投入非典型肺炎病毒研究。他通过电子显微镜，观察到非典病人的尸检肺标本上有衣原体，随即于2月18日向社会公布了这一研究成果。
回顾当时的情景，洪涛院士说，自己曾要求媒体宣布他的发现时“要留有20%的余地”，但实际发布时“余地还是留小了”。留有余地是洪涛院士的主观意愿。在当时事关紧急的情形之下，洪涛院士所代表的是权威话语，中央电视台、新华社等主流媒体就势迅速报道：“非典型肺炎的病原基本可确定为衣原体。”“衣原体之说”从此成为官方宣布的“非典不可怕”、“已经得到控制”的一份“医学证明”。
但是，2003年4月16日，世界卫生组织在日内瓦宣布，经过全球科研人员的通力合作，正式确认冠状病毒的一个变种是引起非典型肺炎的病原体。
虽然洪涛院士的结论曾获得官方认可，但由于他仅仅观察了几个死亡之后的病例，而并不是非典病人在患病期间的真实情况，根本没掌握一线证据，就确认衣原体为非典型肺炎的病原体。一直亲历抗击非典战斗的广东医疗界人士对此无法认可。钟南山尤其觉得：这个结论没有依据。
2003年5月，这个中国医学科研领域最大的公案——衣原体、冠状病毒之争落下帷幕。洪涛院士的结论被证明是错误的。他对记者纠正说，冠状病毒是非典型肺炎的元凶，通过基因分析，对于这一点非常肯定。