非典期间，在给初诊病人做检查时，钟南山始终没有戴口罩，以便于为病人示范张大口腔的动作，还有一个更重要的目的：他要明确掌握每一个非典病人咽喉部的症状。检查时，他让病人屏住呼吸……他如此冒险，果然得出了令世界医学界为之震惊的结论：非典病人并没有明显的咽喉部的异常症候。
钟南山在没有确定非典的病原体为冠状病毒之前，最初对非典病人进行诊断、检查时，没有戴口罩就检查每一个病人的口腔，却也没有被传染上非典，这是一个不解之谜。这个疑问一直被很多人认为匪夷所思。所以，钟南山这句“我查看过每一个非典病人的口腔”，后来被很多人流传。
有多位经历过非典的专家都认为，当通过飞沫传染的非典带菌病人，张开口腔与你近距离接触时，传染的危险，几乎是十有八九。如果非典病人面对面冲你咳嗽几声，你恐怕就在劫难逃。
钟南山当时察看的非典病人都是带菌、带病的，一开始就是这样裸露着察看病人，到后来，越来越谨慎了。
医务人员一开始都没有什么防护措施，因为没有想到病毒会这么厉害，从未经历过，所以缺乏足够的警惕。有很多病人在咳嗽。钟南山当时从最初两三周对病人感染情况的观察，发现了这些病人的特点：一个是他们工作或生活在人群很密集的地方；另外一个就是，实际上，他们是被咳嗽的飞沫感染的。
他这样解说自己为什么没有被感染：“一般我做检查的时候，会告诉病人：你忍一忍，不要咳嗽。所以，我并没有因为给病人检查而受到感染。”
钟南山的声音不高，每个字清晰在耳：“如果把这个过程全部解释为不怕死，或者是解释为不怕被感染，我觉得不完全是这样的。”
除了不要病人咳嗽之外，他在察看病人口腔的时候，自己也是张着嘴巴，示范病人“啊——”一声，所以，病人的呼吸会免不了直接呼到他身上去。
“噢，那我只能解释为自己的体质好，抗病能力强。另外，就是长期接触那些病人，所以有了抗体。”他哈哈地笑了。
最初，钟南山的确没有对这突如其来的病毒强悍的传染性有足够的预想。
他的部下这样介绍：没有及时戴上口罩这种从容和淡定的做法，也使他自己无形中对非典病毒的传染性做了一次测量。艺高人胆大。他是如此深入到最实际、最直接的现状中，去获取宝贵的第一手资料。
非典过去多年之后，仍然不乏有人对钟南山当初那声大胆的吆喝“把重病人都送到我这里来”心存疑问——他干吗揽这么大的差事？为什么胆子这么大？
“我之所以后来才戴口罩，是有很多想法的，不完全是不害怕被传染，我觉得自己应该带头不怕才行。后来，我让把所有的重病人都转到我这里来，还是经过了一段实践以后才有信心的。要是完全没有依据，没有任何把握，我是根本不会这样做的。”他说，“作为一个临床大夫，你一眼看过去就知道，这个病情是需要自己总结的。”他这样阐释不戴口罩的缘由：“是为了获得一线上最真实的情况。”
在整个抗击非典战役中，钟南山之所以能够有把握确认对非典病人的诊断，其重要的原因，是他掌握了病人的症状。这一番“掌握”，使他有理由发出自己的声音：“我查看过每一个非典病人的口腔。”他反复强调，他就是想说清楚一个问题：非典是一个很特别的感染，而不是一个普通的肺部感染。它需要医学界有很多直观的、感性的认识，然后逐渐形成一个概念、一个结论。
最简单的就是：“我们所知道的一般肺炎或者是感染，常常都是先有红肿或者是先有咽喉的症状，但是我观察的这些病人，没有一个是有红肿的，一个都没有。就是说，没有咽喉部充血的一般性症状。但是你要想证实这个观点，必须观察很多病人，每个病人都要你去看。所以当时所有的病人，无论确诊还是不确诊的，我都去看。确诊了以后，得出一个不同的概念，就是这种病人的特点为咽喉部没有症状。”他指出了这些病人的特征：咽喉部没有症状。除此之外，非典病人的临床特点和一般肺炎病人的不一样，还在于他们发烧，白血球低，然后是肺炎，却没有锣音，跟一般肺部炎症常常出现锣音的情况并不相同；而且，他们最突出的特征是呼吸困难。对于非常深奥的专业问题，钟南山表述得简洁明了。
2009年1月16日，他语速匆匆地讲着过去的事。与别人面对面近距离讲话时，他习惯用喉部发音，这样对保持精力有效。
所以，当2003年5月18日，在美国胸科学会国际会议上，面对来自世界各地的2000多名专家学者，钟南山作报告讲述发生在中国的非典——SARS的特殊性时，他描述了此番的真实所见。在这个大会上，来自美国的临床医生，听得特别认真。
钟南山坚持认为，对待非典病人要从最简单的病情入手，从最直接接触的情况做起，而不要跟病人说：先去做一个血液检测。
“这个发现”——他指的是深入一线，“是实践，是真实，需要时间，但是可靠，有说服力”。