钟南山自20世纪70年代起，在医学研究领域，就逐步取得了一系列具有代表性的成果。
其中最具影响力的，是在80年代末，他通过创制的气道反应测定法和流行病学调查，首次在国际上证实并完善了隐匿性哮喘概念。再比如，他阐明了肺内一氧化氮和内皮素平衡失调，以及多种原癌基因表达异常，在缺氧性肺动脉高压形成中的作用；在他的指导下，他的研究生创制了运动膈肌功能测定法；首次证实即使是早、中期的慢性阻塞性肺病病人，有60%存在蛋白能量营养不良，并制定了补充其基础耗能的校正公式，研制出适合国人的营养素“优特力生”；在医疗上将各类型呼吸衰竭的抢救成功率，提高到85%以上。
正是由于这些成果，钟南山被聘为撰写联合国《全球哮喘防治战略》的中国代表、联合国世界卫生组织医学顾问，并于1996年当选为中国工程院院士。也正因为如此，才有了后来在防治特别是抗击非典时，胸有成竹的钟南山。
还有，钟南山在1993年当选为第八届全国政协委员。
尽管有上述的骄人之处，但是当初对于当选中国工程院院士，钟南山压根儿没有做过什么考虑，因为他始终觉得：自己还不够格。虽然也申报了，他却没有抱什么希望。他更没有想到，最终的结果，竟然是高票当选。
能够当选中国工程院院士，是要经过极其严格的考量和筛选的，更何况是高票当选。
80年代末，钟南山在国际上首次提出了隐匿性哮喘观点。这基于他的一个非常重要的发现。
钟南山能够发现隐匿性哮喘，主要是因为解决了一个技术上的问题。在此前，医生为病人做哮喘气道高反应表现的症状检查，要用支气管激发试验来进行。支气管激发试验需要很复杂的技术，一套仪器要五六千美元。在当时的中国，如此高的费用，无论医院还是患者，都还是难以承受的，也使很多患者难以得到及时诊断。
钟南山在1984年，就把这个技术简化成一个简单的支气管激发试验测定仪器、一个体积很小的装置：用几个自制的玻璃瓶进行雾化，里面装了不同浓度的激发剂。当为病人做检查时，只需让病人使用峰流速仪进行最大峰流速测定，以此来检测他有没有气道高反应性，从而说明这个病人是否患哮喘，因为气道高反应是哮喘的重要标志。
价格高达五六千美元的诊疗仪器，被简化为一个诊病的峰流速仪。这个小仪器，发达国家不需要，但是在中国，它体现了钟南山一贯坚持的传统医学思想：简单、方便、廉价、实用。寻求低廉的用材、简单的手段，治好病人的病痛。
这个简单而有效的仪器于1986年制作完成，是首创的TAR一型检疫组织胺支气管激发试验仪器。它使得钟南山能够在广大的基层来进行支气管激发实验。正因为在基层大面积做了支气管激发实验，所以可以早期发现一些没有哮喘症状，但是有气道高反应性的病人。这对于钟南山的医学研究来说，是莫大的鼓舞。
于是，钟南山于1992年在美国著名的胸腔医学杂志上，发表了一篇文章。文章的主题是：没有症状的气道高反应性是否为隐匿性哮喘的指标？副题是他对有气道高反应性的年轻学生，在两年之内的追踪结果。钟南山研究发现：其中有20%的患者，两年以后发展为哮喘。而这些病人最初没有哮喘症状，只是有气道高反应性。
尽管1992年钟南山就在国际胸科专业的权威医学杂志，发表了这样的论文阐明隐匿性哮喘的概念，但并没有很多人重视和响应。直到5年以后，有一个加拿大的学者，将这一概念进行了研究，并在1997年将其理论和随访的结果，发表在英国《胸腔》杂志上，认为：无症状的气道高反应患者更容易发展为有症状的哮喘。这就证实了钟南山的看法。
终于，16年后的2008年，世界医学权威杂志《柳叶刀》发表的一篇论文，引用了钟南山关于“存在隐匿性哮喘人群”的结论。该文并且综合了那位加拿大学者很多的研究发现，得出的结论为：14%—58%的无症状气道高反应性，可以发展为哮喘。所以，隐匿性哮喘成为被《柳叶刀》杂志认定的概念，成为世界公认。
1992年发表论文，5年后被别人证实，2008年才被公认。一个造福于人类的医学结论，等待了16年！这一经过了漫长时日才被世界公认的医学结论，从此可以在许多国家应用。患者出现气道高反应性时，尽管尚没有哮喘症状，也可以得到医生及时的治疗，避免发生意外。提出隐匿性哮喘这个概念，在钟南山早期的医学工作中，是最重要的一个贡献。
这个贡献难能可贵，就在于对人类疾病的早期发现和早期预防。它类似于如何能够发现早期的糖尿病，病人没有症状，但是可以通过监测血糖，得知血糖高了就容易得糖尿病。再比如，如何发现早期的高血压？病人没有症状，但是通过测量，可以得知血压升高。又比如，如何得知病人在没有症状的情况下，是否有哮喘？通过检疫的方法便可以检查出来。隐匿性哮喘与上述疾病，具有同等的可预防性，只是没有得到应有的重视。钟南山这一重大的贡献，直到现在，都被应用于中国乃至世界的呼吸医学研究和呼吸系统疾病诊疗。隐匿性哮喘，或者叫作无症状哮喘，它的定义就是哮喘在没有发作的情况下，也可以认定症状。这对呼吸医学来说，是非常重要的革命性看法。而此前，国际通行的医学结论是，哮喘患者一定是有症状的。而钟南山发现，没有症状的患者，也可能发展为有症状的哮喘。一个医学结论从此被刷新。
中国的慢阻肺病人跟国外的不一样，存在着比较多的营养不良问题，医学上称作蛋白质的营养不良，这个概念与国外有很大的区别。中国大概有60%的慢阻肺病人蛋白能量营养不良，所以钟南山认为，早期对这些病人的治疗应该跟国外的不一样，应该多补充蛋白和脂肪。
教书育人
中国的慢阻肺病人一般偏瘦；国外的患者都很胖，体重比较重。钟南山通过做一些测试，最早发现确实存在这个问题。这类病人因为消耗的问题，引起蛋白质不足。这一问题的发现，使得在慢阴肺治疗上采用更有针对性的营养疗法，这是从学术上提出的问题。钟南山的这个发现，发展了当时慢阻肺病人的营养食谱，从而为慢阻肺病人的营养治疗，提供了新的方向和措施。
1990年，钟南山突然接到一个通知：中共广东省委常委会议决定对两个人进行表彰，一个是红线女，另一个就是他。事先，并没有任何人对他讲过。
红线女曾任广东粤剧院副院长、广州粤剧团艺术总指导，并曾当选为中国戏剧家协会广东分会副主席，是第二届全国政协委员，第三、四、七、八、九届全国人大代表。红线女于1938年开始学习戏剧，从艺几十年来，演过近百个粤剧，拍过90多部电影；她在艺术上勇于创新，创造的许多“红腔”名曲，脍炙人口，广为传唱。
1994年，组织上安排钟南山申报过一次中国工程院院士，没有通过。当时，他本来就没抱什么希望，所以也觉得自然而然。
1995年，广州市人事局盛南方处长又动员了钟南山三次，希望他能够申报中国工程院院士。钟南山真诚地对盛南方说，自己距离得太远了，根本不够格。
但是，申报表还是要填的，这是组织安排。
钟南山认为，选上中国工程院院士的人都是年事很高的，有很多成就的。而他自己连获得的国家科技进步奖都不多，只有一个三等奖，对他本人来说，当选院士根本就是不可能的事。但当时正好碰上一个好政策：新增中国工程院院士必须有1/3是60岁以下的人。后来，钟南山开自己的玩笑说：“我就占了这个便宜，是59岁，年龄正好在60岁以下。”
有一位中国工程院院士叫侯云德，一直在中国预防医学科学院的病毒所任职。当时，他是中国工程院医学卫生工程学部主任、评选院士的组长。有一天，他打电话到广州医学院问：“钟南山这个人怎么样？他的学术水平还有人品怎么样？”侯云德分别找了两位老教授，他们两个平时在广州医学院讲话都是不留情、很厉害的。
对中国工程院院士的评选是很注重人品的。其中一位教授梁先生回答说：“你问我这个钟南山，我觉得他不错啊，工作不错，对我们这些老教授也是不错的。”结果，侯云德就更认定钟南山这个“年轻人”了。
给学生讲课
钟南山虽然得奖不多，但是他在国外发表的几篇文章，所阐述的观点和论点具有创新性的发现，得到国际同行认可。
比如隐匿型哮喘的学说，是说有些哮喘是病人自己感觉不到的，可以是无症状的。钟南山不但提出这么一个概念，同时附有一个调查，就是发现这些病人患病几年之后，有些会发展为症状性哮喘。并且，他还提出了一个对隐匿性哮喘患者进行发现和检查的方法。
1989年和1990年，钟南山已经在国际上的一些知名杂志发表了论文。不仅如此，1993年，他被选为中国代表，参加世界卫生组织召开的国际会议，商讨撰写《全球哮喘防治战略》。这样的事在当时的中国是非常少见的，在业内是有轰动效应的。
还有一个重要的方面：钟南山从1983年开始，就担任中央及地方领导同志的保健医生。所以，中国工程院评委会对钟南山医疗上的技术水平是认可的。很多领导到广州来之后，都希望找钟南山看病。钟南山也经常到北京去会诊。评委们觉得，这几方面都是钟南山实实在在的资历和水平。
有一点非常重要，就是钟南山的口碑好，广大患者对他的满意度高。《羊城晚报》曾经有一个经常写评论的老报人，写过很多很有战斗力的评论，他的笔名叫微音。微音写过几篇关于钟南山的评述文章，歌颂他视患者如亲人的高尚医德。媒体最早是从1981年开始报道钟南山的。《羊城晚报》当年报道他的那个记者后来是副总编辑，叫王华基。他报道钟南山的那篇文章叫作《争气篇》，内容是写当时钟南山去英国进修时的经历，讲述了钟南山在英国的拼搏。那时，正好中国足球队在1982年世界杯预赛中输给了新西兰，全国人民都非常沮丧。王华基此时就写了这一篇题为《争气篇》的报道，意思是中国男子足球队虽然输了，但是我们中国人还是很争气的，比如钟南山。这篇文章在当时引起很大反响。
当选中国工程院院士
钟南山高票当选为中国工程院院士，广州医学院为他举行了隆重的庆祝会。大家请钟南山发言，他并没有说自己如何的欣喜或者自豪，而是讲了一个观点：“我们学校很小，水平也不高，是一个不起眼儿的地方院校，但是我们这么小的学校也可以出院士。”
钟南山想说明的是，作为一个学校，要承认自己落后，但是最重要的是要不甘落后。有了这一条，多小的局面也能干出大事业来。
“人最重要的是承认落后，因为承认落后并不是坏事，是为了不甘落后。不要以为自己的条件差就不行，要自己创造条件。”
他说：“在我的一生里，这恐怕是一直占据中心的主导思想。”