因为家庭出身问题，钟南山在政治运动中备受煎熬……
1964年年底到1966年年初，钟南山积极投身于“四清”运动。他从北医被派往山东胶东半岛乳山县下乡体验生活，与农民同吃、同住、同劳动。
钟南山临行之前，向党组织递交了入党申请书，决心要在“四清”期间经受考验，并且加入党组织。正如他自己所说，对任何事情，他总是首先看到积极、乐观的一面，即使是那些曾使他痛彻肺腑的往事。
他和那些被下放的干部一起，每天和农民们甘苦与共。钟南山回忆说：“我觉得，他们的热情给我很深刻的教育。那个时候，农民把我看成是毛主席派来的，他们总是把自己认为最好的东西拿出来。可他们那时的生活，一年大概有两次吃白面，能吃上饺子已经是太难得、太奢侈的事了，他们吃肉一年也就是一次。在过大年的时候，农民家里一次性做出一大锅，那是一年一顿最幸福的饱饭。”
到了乡下，钟南山住在老百姓家。北方农村老百姓家里的情况，是钟南山始料未及的，很是艰难。他和老百姓睡的不是同一个炕，他睡的是那种不烧火的凉炕，而且在冰冷的屋子里，臭虫、虱子照样到处乱爬。
寒冷的冬天，钟南山睡到半夜，实在顶不住了，把所有的棉衣都穿上还是不行。睡觉的时候不是躺在炕上了，而是跪在炕上，整个身子蜷缩在一起，所有可以挡风御寒的东西一件件压在身上，每天这样一直熬到天亮。
没有东西吃，一年的口粮到了3月份就吃得差不多了，只得开始吃槐树叶，地瓜干已经算是不错的食物了。他每天干的活儿和农民完全一样，耙地、种地瓜、除草……晚上还要开会。集中开大会的时候，大家就一起睡在地上，往地上铺一层麦秆。
那次下乡对钟南山触动很大，让他经常不由地会想一想，中国还有这样的人在活着，活得很苦，但他们对待客人像亲人一样热情、质朴。
钟南山和山东胶东半岛乳山县的农民共同生活，产生了很深的感情。直到他40多岁以后，乳山县的农民还写信给他，希望他“回去看看”。
虱子咬坏了钟南山的脚踝，瘙痒难以忍受。被挠破的创面开始化脓，然后是浮肿，眼看着浮肿一天比一天肿大。冬天冰天雪地，脚踝上的大包已经肿得像一个球，后来肿到直径有6寸那么大，穿棉鞋根本系不上鞋带。“大球”连裤腿也遮不住，只能露在外面，但是他每天照旧一瘸一拐地出工。
到了春节过大年，公社放假10天。村干部告诉钟南山，他可以回去几天。这样，他终于有了可以回城治疗的机会。他非常担心，脚踝脓肿到这样的程度，一旦出现骨髓炎就得截肢，就要终生残疾。
运动员不能继续做，医生不能做，万一再落个残疾……他这样一想，就好像有一块巨石压在了头顶。他怕时间再长脚真的保不住了，就和朋友借了钱，马上经郑州乘飞机回广州就医。
还好，经过医生的精心治疗，脚保住了。
另一件让钟南山揪心的事情，是他的入党问题。那时对家庭成分的审查极严格，他的父亲钟世藩曾经加入过国民党。钟南山知道，入党这事不能急，需要好好表现、耐心等待。
一年之后，即1966年3月，钟南山由于带病坚持劳动，表现突出，受到农民的一致好评，他如愿以偿地加入了中国共产党。
但是，对于从乳山县“得胜还巢”的钟南山，组织上仍需要他继续劳动。
那个时候钟南山的表现是最好的，但再好，他也不能当模范，为什么呢？因为他的家庭出身，决定了他的命运。当时，他想不通，但是他不服输，还是想通过自己的努力证明给大家看，告诉大家：家庭成分不好的后代也是好人，也同样是积极上进的人！
那个时候，他因为自己当过运动员，身体素质好，既然暂时回不了教研室，既然还得继续接受劳动改造，那他就表现得更突出些给组织上看，所以务农时，人家干活儿一次背一筐，他就背两筐。
当他兴高采烈地上任为北京医学院的毛泽东思想辅导员不多日，席卷全国、史无前例的“文化大革命”，一夜之间，在北医成为滔天的洪流。
“文化大革命”期间，钟南山又重新用勤勤恳恳的劳动，证明着自己的积极上进。但是在强调“抓革命、促生产”之后，大多数老师都回到教研组了，而他，仍然不被信任，组织上让他去继续劳动，教学没有他的份儿。
他彻底失望了。
钟南山这个“阶级敌人的后代”、“反动学术权威的狗崽子”尽管人缘比较好，但是政治运动的残酷无情，让知心人都能背叛知己人。那是一个灵魂深处闹革命的荒谬年代。
1966年春夏之交，学校已无课可上，昨天还温文尔雅的好学生，今天竟成为高呼革命口号的怪异青年。他们高喊着“打倒”，让自己一向尊敬的老师坐“喷气式”、挨批斗。
校园里到处张贴着各种颜色且随时更新的大字报，其内容不是揭发，就是批判。